絕大多數患兒出生時正常，可在新生兒至成年發病，常在嬰幼兒時期發病，臨床表現個體差異很大，從無癥狀到猝死，急緩不同。
最常見癥狀是無力、嘔吐、抽搐、嗜睡、昏迷，最常見的體征是肝大、肌張力低下，低酮型低血糖、高氨血癥、肝損害、肌酶增高、代謝性酸中毒、高尿酸血癥是較常見的化驗異常。部分患兒急性期發生室性心動過速、肺出血、黃疸。
1.能量不足的表現
常見表現為無力、運動落后、精神萎靡、嘔吐、學習困難。一些患者急性發病，類似瑞氏綜合征。患者急性發作前常有誘因，如勞累、饑餓、感染、疫苗接種、外傷等應激耗能狀態。嚴重患兒死于第一次代謝危象發作，存活者可能遺留癲癇、智力運動落后等神經系統后遺癥。非急性發病的患兒以肌源性損害較常見，運動落后，易疲勞，肌張力低下。
2.心臟、肝臟、骨骼肌等多器官受累
典型患者心肌脂肪變性，導致心肌肥厚、心律失常、心功能不全，嚴重患者起病急驟，發生心源性猝死，類似暴發性心肌炎。肝臟病變常見脂肪肝、肝大、肝功能損害。由于骨骼肌脂肪累積，導致肌無力、血清肌酸激酶增高，嚴重者發生橫紋肌溶解。低酮型低血糖、高氨血癥、高尿酸血癥是常見代謝紊亂，嚴重低血糖腦病可能遺留神經精神損害。
學齡至成人發病的晚發型患者的主要癥狀是肌無力，易疲勞，肌肉疼痛，一些患者食欲減退、嘔吐、抑郁，常合并脂肪肝、心肌病及精神神經異常。