早期診斷主要靠提高對本病的警惕，凡有器質性心臟病病人有不明原因發熱持續一周以上，需考慮本病的可能。并應立即連續送血培養及藥敏試驗。血培養陽性可確診本病及其病原。若多次血培養陰性，需注意風濕熱復發或左心房粘液瘤、非細菌性心內膜炎進行鑒別。只有心臟雜音，發熱，而血培養陰性，也需與長期發熱病如結核、布氏桿菌瘤、淋巴瘤、肝膿腫等鑒別。若出現出血點或栓塞現象雖對診斷本病有幫助，但多數已進入病的較晚期。
本病預后和治療的早晚，抗生素對病原菌的控制能力，心臟瓣膜的損傷程度及患者抵抗力有關。術后發生的人工瓣膜感染，尤其是革蘭氏陰性桿菌和霉菌性感染預后最差。多次復發者預后不佳。