人類MHC位于第6號染色體，MHC可分為三類基因群。
1. Ⅰ類基因：對于人類而言，包括3個基因位點，即A、B、C。其編碼產物為MHC Ⅰ 分子或抗原。
2. Ⅱ類基因：DP、DQ、DR三個亞區，其編碼的經典產物為MHC Ⅱ 類分子或抗原，尚有與內源性抗原處理有關的LMP、TAP。
3. Ⅲ類基因：編碼產物MHC Ⅲ 類分子或抗原
