組織蛋白酶是存在于所有動物和其他生物體中的蛋白酶（降解蛋白質的酶）。
這個家族大約有十幾個成員，它們的區別在于它們的結構、催化機制以及它們切割的蛋白質。大多數成員在溶酶體中發現的低pH值下被激活。因此，這個家族的活動幾乎完全在這些細胞器中進行。
但是，也有例外，例如組織蛋白酶K，它在骨吸收過程中由破骨細胞分泌后在細胞外起作用。組織蛋白酶在哺乳動物細胞更新中起著至關重要的作用。
