由于異環磷酸胺無特異的解毒劑，因而每次用藥時藥特別謹慎在治療異環磷酰胺用藥自殺、意外用藥過量或中毒時，可以進行血液透析。藥物應用過量時，不良反應最常見的是骨髓抑制。主要表現為白細胞減少。骨髓移植的持續時間及嚴重程度與藥物過量的程度有關，需要經常監測血象及患者的一般情況。若出現嚴重中性粒細胞減少，需要進行炎癥預防，治療感染需使用足量的抗生素．若出現血小板減少，要根據需要補充血小板。如果沒有預防或預防不充分也會發生嚴中出血性膀胱炎．
如果發生異環磷酰胺相關性腦病，可以考慮亞甲藍的使用。
注意事項：由于異環磷酰胺的細胞生長抑制作用僅在經肝臟活化后發生，所以如果意外發生靜脈旁使用，也沒有損傷組織的危險。