依諾肝素鈉的作用機理主要是通過抗凝血和抗血小板聚集作用來預防和治療血栓相關疾病。
依諾肝素鈉是一種低分子肝素，它分離了標準肝素的抗血栓和抗凝活性，并主要作用于凝血因子IIa（即抗凝血酶活性），其抗Xa活性更高。這種作用模式使得依諾肝素鈉在預防劑量下不會明顯影響aPTT（活化部分凝血活酶時間），而在治療劑量下，活性峰值時可以將aPTT時間延長1.5到2.2倍。
此外，依諾肝素鈉的毒理研究顯示，它對細胞沒有直接的毒性作用，并且不會透過胎盤。在遺傳毒性研究中，包括Ames試驗、小鼠淋巴瘤細胞正向突變試驗、人淋巴細胞染色體畸變試驗以及大鼠體內微核試驗，結果均為陰性。