α—亞麻酸的某些生理作用是通過調節相關酶的活性來實現的。α—亞麻酸改變生物膜中一些膜結合酶的活性如腺苷環化酶、5,核苷酸酶及Na-K-ATP酶對脂肪酸的敏感,酶活性的改變也是對膜結構變化的一種適應。
α—亞麻酸的降血脂作用一方面是通過對代謝率的調節來實現,另一方面則是通過抑制有關的脂肪和甘油合成酶系及膽固醇合成酶來實現。α—亞麻酸能使膽固醇合成酶的限速酶HMG-CoA的活性降低而減少膽固醇的生成；α—亞麻酸對脂肪合成酶系(包括脂肪酸合成酶、CoA-羧化酶、二酰甘油乙酰轉移酶等)的抑制和加強線粒體中的β-氧化,使甘油三酯的合成減少而消耗增加 [1] 。
α—亞麻酸通過競爭抑制作用抑制ω—6系PUFA的代謝,減少前列腺素PGE2、前列腺環素PGI2、血栓素TXA2、白三烯LT4的合成,增加對應的ω—3系PUFA的代謝產物,從而產生眾多的生物調控作用,如抗炎、抗血栓、抗過敏等。