三期梅毒（晚期梅毒）早期梅毒未經治療或治療不充分，經一定潛伏期，通常為2一4年后，約有1/3患者發生三期梅毒。除皮膚、粘膜、骨出現梅毒損害處，尚可侵犯內臟，特別是心血管及中樞系統等重要器官，危及生命，三期梅毒的共同特點為損害數目少，破壞性大，分布不對稱，愈后遺留萎縮性瘢痕；客觀癥狀嚴重而主觀癥狀輕微；損害內梅毒螺旋體很少，傳染性小或無；梅毒血清反應陽性率低。
（1）晚期皮膚損害：主要分兩型。
1）結節性梅毒疹：呈直徑為2mm或更大的紅褐色或銅紅色結節，質硬而有浸潤，呈集簇狀排列，表面被覆粘連性鱗屑或痂皮，或結節頂端壞死、軟化形成糜爛及潰瘍，常一端自愈，另端又起新結節呈弧形、環狀或花環狀排列，消退后遺留瘢痕及色素沉著或色素減退斑。好發于頭、肩胛部、背及四肢伸側，分布不對稱，自覺癥狀輕微。
2）梅毒性樹膠腫：為破壞性最大的一種損害。初為皮下深在性結節，逐漸增大與皮膚粘連，呈暗紅色浸潤性斑塊，中央逐漸軟化，終于破潰，流出粘稠樹膠狀膿汁，故名樹膠腫。潰瘍繼續擴大呈圓形、橢圓形，境界清楚，潰瘍壁垂直向下，邊緣整齊呈紫紅色，常一面愈合，一面繼續發展，形成腎形或馬蹄形潰瘍，經數月后潰瘍結疤痊愈。可發生于全身各處，以小腿多見，常單發。自覺癥狀輕微。
3）近關節結節：少見，為發生于肘，膝、髖關節附近的豌豆至胡桃大圓形、卵圓形結節，性質堅硬，時稱分布，表面皮色正常，無明顯自覺癥狀。如不治療可持續數年，不易自行消退。
（2）晚期粘膜梅毒：主要發生于口腔、鼻腔及舌部。口腔損害常發生于硬腭，呈結節性樹膠腫，往往在硬腭近中央部發生穿孔，為三期梅毒的特征性表現。鼻中隔亦常形成樹膠腫，并可損傷骨膜及骨質，出現鼻中隔穿孔，形成鞍鼻。舌部樹膠腫破潰后，形成穿鑿性潰瘍，邊緣柔軟而不規則，自覺癥狀均輕微。
（3）三期骨梅毒：常見者為骨膜炎，以長骨多見。其次為樹膠腫，對稱發生于扁骨，以顱骨多見，可形成死骨及皮膚潰瘍。
（4）內臟梅毒：任何內臟皆可受累，但以心血管梅毒最常見而重要。多發生于感染后10一20年，一般約有10%一30%未經正規治療的患者發生心血管梅毒。基本損害為主動脈炎，可進一步發展為主動脈瓣閉鎖不全、主動脈瘤等。肝樹膠腫次之，胃腸、呼吸系統及泌尿生殖系統損害少見。
（5）神經梅毒：主要為脊髓癆及麻痹性癡呆。該二病各有其特有的臨床表現，腦脊液檢查對診斷有很大幫助，包括細胞數目增多，蛋白定量陽性，特有的膠金曲線，腦脊液梅毒血清反應陽性。