肝囊腫多數癥狀較輕微,常偶發現上腹無痛性腫塊,腹圍增加或有肝區脹痛、食欲不振、喛氣、惡心、嘔吐、消瘦。若囊腫增大壓迫膽總管則有黃疸,破裂可有囊內出血,代替囊腫扭轉可有急性腹痛,肝腫大但無壓痛,約半數患者有腎脾、卵巢、肺等多囊性病變。