腸瘺的分類可從不同角度進行，常用的分類方有以下幾種：
(1)根據病因分類：可分為損傷性、炎癥性和腫瘤性等3種。
(2)根據解剖部位分類：根據瘺的原發部位而命名。如十二指腸瘺、空腸瘺、回腸瘺和結腸瘺等。有人把十二指腸及十二指腸懸韌帶以下100cm范圍內的腸瘺稱為高位小腸瘺，遠端回腸瘺則稱為低位小腸瘺。這種分類主要著眼于可能引起的水、電解質失衡的性質和程度，便于指導臨床治療。
(3)根據腸瘺與皮膚相通的情況分類：可分為間接性(亦稱為復雜性)和直接性(亦稱為單純性)
