細胞自噬主要有三種形式：微自噬（microautophagy)、巨自噬（macroautophagy）和 分子伴侶介導的自噬 (Chaperone-mediated autophagy，CMA）。
微自噬
定義 ：指 溶酶體或者液泡內膜直接內陷底物包裹并降解的過程。
作用時間：多在種子成熟時儲藏蛋白的沉積或萌發時儲存 蛋白的降解中起作用。
巨自噬
定義：在其過程中， 底物蛋白被一種雙層膜的結構（粗面內質網的無核糖體附著區脫落的 雙層膜）包裹后形成直徑約400~900 納米大小的自噬小泡（autophagosome)，接著自噬小泡的外膜與溶酶體膜或者 液泡膜融合，釋放包裹底物蛋白的泡狀結構到溶酶體或者液泡中，并最終在一系列 水解酶的作用下將其降解，我們將這種進入溶酶體或者液泡腔中的泡狀結構稱為自噬小體。
作用時間：營養缺乏條件下培養的細胞、植物的免疫反應、葉片衰老及 環境脅迫應答。
介導自噬
在動物 細胞衰老反應過程中，往往發生分子伴侶介導的自噬過程，保存必須的組成 細胞結構的蛋白和其他材料。