肺炎的病原體因宿主年齡、伴隨疾病與免疫狀態、獲得方式而有較大差異。社區獲得性肺炎（CAP）的常見病原體為肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌、金葡萄球菌、化膿性鏈球菌、軍團菌、厭氧菌等，而醫院獲得性肺炎（HAP）中則以銅綠假單胞菌與其他假單胞菌、肺炎克雷伯桿菌、大腸埃希菌等常見。金黃色葡萄球菌和嗜血流感桿菌感染是重癥細菌性肺炎的重要病因。
