酶切反應條件如下：在20 μl PCR產物混合體系中加入5U的內切酶，按相應的反應溫度溫育1小時。通常20 μl PCR產物體系中含有1 μg底物DNA，1單位的Vent DNA聚合酶，1× ThermoPol Buffer [10 mM KCl， 20 mM Tris-HCl （PH 8.8@25°C），10 mM (NH4)2SO4, 2 mM MgSO4和0.1% Triton X-100]，以及終濃度為200 μM的dNTPs。表中標記有*的內切酶在酶切反應前需加入NaCl（終濃度為100 mM）或相應的10× NEBuffer（1×終濃度）。
注意：在非最佳條件下進行酶切反應容易出現星號活性。要避免星號活性或希望取得更好的酶切效果，則需用乙醇沉淀純化DNA，再將其溶解于相應的酶切緩沖液。此外，如果使用不純的DNA聚合酶，會因其中混有其它核酸酶而影響整個反應結果。
+++表示完全切割；++表示約50%被完全切割；+表示約25%被完全切割。
| 酶 | 在反應物中的活性 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Aat II | + + + | |||||||||
| Acc I | + | |||||||||
| Acc65 I | + + | |||||||||
| Aci I | + + + | |||||||||
| Acl I | + + | |||||||||
| Afl II | + + + | |||||||||
| Afl III | + + | |||||||||
| Age I | + + + | |||||||||
| Ahd I | + + | |||||||||
| Alu I | + + + | |||||||||
| Alw I | + + | |||||||||
| AlwN I | + + | |||||||||
| Apa I | + ++ | |||||||||
| ApaL I | + + + | |||||||||
| Apo I | + + | |||||||||
| Asc I | + + + | |||||||||
| Ase I | + | |||||||||
| Ava I | + + + | |||||||||
| Ava II | + + | |||||||||
| Avr II | + + + | |||||||||
| Bae I | none | |||||||||
| BamH I | ||||||||||
| Ban I | + + + | |||||||||
| Ban II | + + + | |||||||||
| Bbs I | + + + | |||||||||
| Bbv I | + + | |||||||||
| Bcg I | + + | |||||||||
| BciV I | + + | |||||||||
| Bcl I | + + + | |||||||||
| Bfa I | none | |||||||||
| Bgl I | + | |||||||||
| Bgl II | + + + | |||||||||
| Blp I | + + + | |||||||||
| Bmr I | ||||||||||
| Bpm I | + + | |||||||||
| Bsa I | + | |||||||||
| BsaA I | + + + | |||||||||
| BsaB I | + + | |||||||||
| BsaH I | + + + | |||||||||
| BsaJ I | + + + | |||||||||
| BsaW I | + + | |||||||||
| BseR I | + + + | |||||||||
| Bsg I | + + | |||||||||
| BsiE I | + + | |||||||||
| BsiHKA I * | + + | |||||||||
| BsiW I | + + | |||||||||
| Bsl I | + + | |||||||||
| Bsm I | + + + | |||||||||
| BsmB I | + + | |||||||||
| BsmF I | + + | |||||||||
| BsoB I | + + + | |||||||||
| Bsp1286 I | + + + | |||||||||
| BspD I | + + | |||||||||
| BspE I * | + + + | |||||||||
| BspH I | + + | |||||||||
| BspM I | none | |||||||||
| Bsr I | + + + | |||||||||
| BsrB I | + + + | |||||||||
| BsrD I | + + | |||||||||
| BsrF I | + + | |||||||||
| BsrG I | + + | |||||||||
| BssH II | + + | |||||||||
| BssK I | + + | |||||||||
| BssS I | + + + | |||||||||
| BstB I | + + + | |||||||||
| BstE I | + + + | |||||||||
| BstN I | + + | |||||||||
| BstU I | + + | |||||||||
| BstX I | + + + | |||||||||
| BstY I | + + | |||||||||
| BstZ17 I | + + | |||||||||
| Bsu36 I | + + + | |||||||||
| Btg I | ||||||||||
| Bts I | ||||||||||
| Cac8 I | + + + | |||||||||
| Cla I | + + | |||||||||
| Dde I | + + + | |||||||||
| Dpn I | (none, requires methylated substrate) | |||||||||
| Dpn II | + + + | |||||||||
| Dra I | + + | |||||||||
| Dra III * | + + + | |||||||||
| Drd I | + + | |||||||||
| Eae I | + + + | |||||||||
| Eag I | + | |||||||||
| Ear I | + + + | |||||||||
| EcoN I | + + | |||||||||
| EcoO109 I | + + + | |||||||||
| EcoR I | + + | |||||||||
| EcoR V | + + + | |||||||||
| Fnu4H I | + + + | |||||||||
| Fok I | none | |||||||||
| Fse I | + + + | |||||||||
| Fsp I | + + | |||||||||
| Hae II | + + + | |||||||||
| Hae III | + + + | |||||||||
| Hga I | + + + | |||||||||
| Hha I |
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