傳統干酪生產中將來源于犢牛皺胃（第四胃）的皺胃酶（Rennin）用作凝乳酶。但由于皺胃酶的來源及成本等原因，其代用酶也被應用于干酪的實際生產當中。目前凝乳酶的種類包括動物性凝乳酶、植物性凝乳酶、微生物性凝乳酶和利用基因工程技術生產的凝乳酶。
動物性凝乳酶主要是胃蛋白酶，其性質在很多方面與皺胃酶相似。但由于胃蛋白酶的蛋白分解力強，且以其制作的干酪成品略帶苦味，如果單獨使用，會使產品產生一定的缺陷。植物性凝乳酶包括無花果蛋白分解酶、木瓜蛋白分解酶、風梨酶等。
微生物凝乳酶主要來源于霉菌和細菌。在生產中得到應用的主要是霉菌性凝乳酶，其主要代表是從微小毛霉菌（Mucorpusillus）中分離出的凝乳酶。微生物來源的凝乳酶生產干酪時的缺陷主要是蛋白分解力比皺胃酶高，干酪的產率較皺胃酶生產的干酪低，成熟后產生苦味。美國和日本等國利用遺傳工程技術，將控制犢牛皺胃酶合成的DNA分離出來，導入微生物細胞內，利用微生物來合成皺胃酶獲得成功，并得到美國食品醫藥局（FDA）的認定和批準（1990）。美國Pfizer公司和Gist Brocades公司生產的生物合成皺胃酶制劑在美國、瑞士、英國、澳大利亞等國廣泛應用。