凝血酶原在凝血機制中起著中心的作用。在激活的因子Ⅴ和由血小板或其他細胞提供的磷脂表面存在的條件下，被激活的因子Ⅹ激活形成凝血酶。凝血酶是一種蛋白水解酶，對多種凝血因子具有水解作用。
凝血酶使纖維蛋白原轉變成纖維蛋白。另外還具有：
⑴誘導血小板聚集；
⑵激活ⅩⅢ因子；
⑶使纖溶酶原轉變成纖溶酶，從而激活纖溶系統；
⑷激活由凝血酶激活的纖溶抑制物；
⑸激活因子Ⅴ、Ⅷ、Ⅺ，生成更多的凝血酶；
⑹激活蛋白C系統；
⑺刺激傷口愈合。
因而凝血酶原缺乏或結構異常使凝血酶導致凝血機制的異常。
