MBE裝置由樣品進樣室、預處理分析室和牛K竄等組成。竄間用閘扳閥隔開，以確保生長室的超高真空與清潔。
根據MBE系統的幾何結構相應地配置真空系統。根據要求，3個室的真空配置的配置泵的系統并非一樣：
(1)進樣室。真空度為1.33 x10-6~1 33 x10-8Pa。在l 33×10-6~1.33×10-7Pa段用吸附泵或渦輪分子加離子泵；1.33×10-7Pa時用渦輪分子泵；1.33 x 10-8Pa時用渦輪分子泵或其他泵加閉路循環液氮低溫泵。
(2)預處理分析室。真空度為1 33×10-8Pa，由400L/s抽速的離子泵獲得。
(3)生長室。真空度為1.33 x 10-9Pa。要按生長室的容積大小和所用的生長材料的陣質來配置。用大抽速帶冷阱的特種油擴散泵、大抽速渦輪分子泵、太抽速閉路循環液氮低溫泵、大抽速離子泵等四種泵為主泵，再輔以鈦升華泵。