有些滋養體在結腸腔內變為包囊并隨糞便排至體外。滋養體主要見于液體性大便中（腹瀉的原因無關緊要），但在體外很快死亡。包囊主要見于成形大便中。
包囊對外界環境有抵抗力，它們可以通過人-人直接傳播或通過食品或水間接傳播。在男性同性戀中，阿米巴病是一種性傳播性疾病。寄生于結腸的兩種內阿米巴：致病的溶組織內阿米巴和無害的dispar內阿米巴，在形態學上是無法鑒別的。阿米巴粘附在結腸上皮細胞并殺死上皮細胞引起有粘液血便的痢疾。阿米巴還能分泌降解細胞外基質的蛋白酶，使蟲體能入侵腸壁甚至到達腸外。阿米巴可經門脈循環擴散并引起壞死性肝膿腫。感染可從肝臟直接擴展蔓延或通過血流擴展至肺，腦和其他器官。