分析型蛋白酶色譜儀種類有多種。
1、按分離目的可分：實驗室分析型蛋白酶色譜儀和工業分析型蛋白酶色譜儀。
2、按固定相和流動相的極性大小可分：正相分析型蛋白酶色譜儀和反相分析型蛋白酶色譜儀。
3、按檢測器屬性可分：質量型檢測器分析型蛋白酶色譜儀和濃度型檢測器分析型蛋白酶色譜儀。
4、按洗脫方式可分：等度洗脫分析型蛋白酶色譜儀和程序洗脫分析型蛋白酶色譜儀。
5、按應用范圍可分：分析型蛋白酶專用色譜儀和分析型蛋白酶通用色譜儀。
6、按分離特征可分：高選擇性分析型蛋白酶色譜儀、高靈敏度分析型蛋白酶色譜儀和高分離度分析型蛋白酶色譜儀。