1、甜度
功能性低聚糖常被用作功能性甜味劑,甜度為蔗糖的0.3~0.6倍。就味質而言,低聚異麥芽糖味質純正；大豆低聚糖與蔗糖甜味相似,但回味差；低聚果糖口感較蔗糖清爽,不帶任何后味；低聚木糖也很清爽,略有特殊氣味。
2、黏度
有研究表明,當濃度相同時,低聚果糖的黏度較蔗糖高；低聚異麥芽糖的黏度與蔗糖溶液接近；大豆低聚糖的黏度較麥芽糖低,比異構糖高；低聚木糖的黏度低予以上3種功能性低聚糖,且其黏度隨著溫度升高而迅速下降。
3、耐熱耐酸性
功能性低聚糖一般具有良好的耐熱耐酸性。其中低聚木糖的穩定性最優,當pH為2.5~8.0時相當穩定,于100℃下加熱1 h幾乎不分解。低聚異麥芽糖和大豆低聚糖在pH>3的環境中均有較好的穩定性,即使經過140℃高溫處理也不易分解。當pH為5~7時,低聚果糖相當穩定,將其加熱到150℃時也不會分解,但在pH<4的酸性環境中其熱穩定性會大幅度下降。
4、保濕吸水性
功能性低聚糖普遍具有良好的保持水分的能力。例如當低聚異麥芽糖與其他糖類混合使用時,可以鎖住水分、防止結晶。這種優良的吸水保水能力也使功能性低聚糖具有膳食纖維的作用,可增加大便持水性和容量,使其易于排出。