有一類假基因除了一般的特征之外，還有一些其他的特征暗示著它們的形成與mRNA有關：
①在假基因中完全缺少在相應的正常基因中存在的內含子順序；
②在假基因的3'末端有一段連貫的脫氧腺嘌呤核苷酸；
③有些假基因與相應的正常基因在順序組成上的相似性只限于相應的mRNA的3'末端之前的部分序列
所有這些特征都酷似具有內含子的正常基因的轉錄產物經加工后形成的mRNA。據此推測這種假基因的DNA順序可能不是來自正常基因的直接復制品，而是以mRNA為中介的正常基因的間接復制品，所以又稱為加工基因。例如編碼人的免疫球蛋白的輕鏈、β微管蛋白、小鼠的珠蛋白以及大鼠的微管蛋白基因的假基因都是加工基因。加工基因可能是在真核生物細胞中的mRNA先經反向轉錄形成DNA，再整合到染色體上而形成的。已知致癌的RNA病毒具備這種機制，然而假基因形成的真正機制仍然是一個正在研究中的課題。