a-鵝膏蕈堿：抑制真核生物RNA聚合酶。
通常mRNA（單鏈）分子自身回折產生許多雙鏈結構（ [噬菌體M RNA中成熟蛋白] RNA中成熟蛋白" class=image>[編碼區的二級結構及外殼蛋白的起始密碼子AUG的位置]）。原核生物，例如M 噬菌體RNA外殼蛋白編碼區，經計算有66.4%的核苷酸以雙鏈結構的形式存在。M RNA能翻譯4種蛋白質，但效率各不相同。在通常條件下翻譯外殼蛋白（其編碼區在成熟蛋白的下游）的效率高于成熟蛋白的效率。但用甲醛處理M RNA破壞二級結構后，則翻譯成熟蛋白的效率提高。圖2[噬菌體M RNA中成熟蛋] RNA中成熟蛋" class=image>[白編碼區的二級結構及外殼蛋白的起始密碼子AUG的位置] 中外殼蛋白的起始密碼子 AUG(1335～1337）通常處于環（Loop）的頂端，暴露在外面，因而易于與翻譯的啟動因子結合而進行翻譯。成熟蛋白的編碼區盡管處在外殼蛋白的前面，但其起始密碼子GUG(130～132）卻埋在二級結構之中，故翻譯效率低，只有將二級結構松開（如甲醛處理）之后才能被翻譯。可見mRNA分子的二級結構對翻譯蛋白質的效率有很大影響。
真核生物mRNA也具有豐富的二級結構，如鴨珠蛋白mRNA和兔珠蛋白mRNA分別有45～60%和55～62%的核苷酸殘基處在堿基配對之中。在真核生物蛋白質啟動復合物中，40S核糖體實際上覆蓋著mRNA上包括帽子結構在內的50～54個核苷酸，但是40S核糖體的大小比50個核苷酸的長度小得多 由于形成的發夾結構（二級結構使帽子與起始密碼子之間的空間距離縮短）（[真核生物mRNA ]），造成40S核糖體能夠覆蓋包括帽子結構和起始密碼子 AUG在內的50多個核苷酸，從而啟動蛋白質合成。不同的mRNA中發夾結構的有無或多少各不相同。在蛋白質合成肽鏈繼續延伸時，不需要帽子結構參加，此時核糖體覆蓋的mRNA的區域約為25～35個核苷酸，mRNA的構象已不同于啟動階段而是處于一種伸展的狀態，從而有利于轉譯的延續。可見，折疊起來的mRNA二級結構有利于蛋白質合成的啟動，以后mRNA處于伸展的狀態則有利于轉譯的繼續。