致病因素有鞭毛、菌毛、內毒素、溶血毒素等。本屬細菌中奇異變形桿菌引起的感染最為常見，其次是普通變形桿菌，為條件致病菌，在引起泌尿系統感染中這兩種菌僅次于大腸埃希菌，醫源性感染較多見，如留置導尿管、尿路堵塞、腸道細菌遷移等。變形桿菌屬的脲酶分解尿素產氨，使尿液pH增高，堿性環境利于該菌生長，也是重要因素，有氨臭味。此外，腎結石、膀胱結石的形成可能與此也有關，因尿液堿化可以促進磷酸銨鎂結石的形成。該菌還可引起創口感染、呼吸道、咽部、耳、眼部感染及敗血癥等。某些菌株產生耐熱腸毒素，污染食物可致食物中毒和嬰兒腸炎。產黏變形桿菌尚未從人類感染中分離到。