目前，四極桿質量濾器的應用仍然最為廣泛。三級四極桿質譜儀的 選擇反應監測（selected-reaction monitoring, SRM）模式適于進行常規的和高通量的生物分析。四極桿工藝的改進和強穩定性的射頻（RF）大大提高了質譜的分辨率，分辨 質量數的寬度達到0.1Da，提高了分析化合物的選擇性。隨著對三級四極桿質譜中碰撞池的改進，出現了 高壓線形加速碰撞池，提高了對傳送離子的能力，降低了物質間的干擾，大大提高了對多組分生物化合物的分析能力。在所有的質譜分析儀中，四極桿質譜儀的定量分析結果的準確度和精密度最好。