ASU教授描述并測序新的禽痘病毒
盡管在過去的幾年中，對人類致病病毒的研究一直備受關注，但更好地了解病毒在其他物種中的作用機制也很重要。在一項新的研究中，亞利桑那州立大學教授Kevin McGraw和Arvind Varsani調查了亞利桑那州家雀(Haemorhous mexicanus)體內一種新的禽痘病毒（avian poxvirus）的特征和感染模式。
這是首次對家雀痘病毒的全基因組進行測序，他們的研究結果已發表在最近一期的《跨界與新興疾病》(Transboundary and Emerging Diseases)雜志上。
眾所周知，包括鳥類在內的動物的痘病毒感染通常會導致皮膚損傷(如人類的水痘)。然而，病毒的工作原理仍不清楚。這項研究是少數研究野生鳥類痘病毒感染的分子和生態學方面的研究之一。
McGraw說:“這項研究的目的是將這種表型調查與這種廣泛分布的鳥類痘病毒感染的嚴格的分子和基因型調查相結合。”
這項研究主要集中在兩個方面。首先，研究人員想要了解鳥類的哪些特征可以預測痘病毒感染。他們檢查了時間(捕獲日期)和生物學(包括性別、初始身體狀況和年齡)方面，以及原生動物球蟲寄生蟲的感染程度。有趣的是，這些都不是痘病毒感染的預測因子。
McGraw說:“這是不尋常的，因為我們之前發現，年齡、雄性羽毛顏色和葡萄糖水平等變量與這些鳥類的痘病毒感染有關。”
其次，他們進行了遺傳分析和系統發育比較(在其他鳥類物種中發現的痘病毒基因的比較)。我們從兩只雄性家雀的損傷部位提取了DNA。采用高通量測序，一種精確測序DNA的方法，獲得病毒基因組。經測定，該序列長約354,000個堿基對(A、T、G、C)。在被分析的兩只家雀之間，它們的基因組有99.7%的相似性，證實了相同的和新的雀痘病毒已經被測序。最后，他們發現新測序的基因組與金絲雀痘病毒基因組相似度高達82%。確定不同鳥類之間相似的痘病毒基因是理解它們的進化和它們之間關系的關鍵。
在氣候變化和棲息地喪失的情況下，弄清楚病毒是如何在城市家雀種群中起作用的，為了解病毒對野生動物的潛在威脅提供了寶貴的見解。該研究獲得的全基因組序列在美國國家生物技術中心信息數據庫的GenBank上公開，識別號為OM869482和OM869483。
Varsani說:“及時共享序列數據對于解決流行病學問題以及幫助病原體診斷、治療和預防的快速發展至關重要。”