可能通過以下方法檢測：①分子檢測——Hybrid Capture II；②HPV引起的細胞改變——Pap；③可察的HPV繼發改變——直視法觀測或輔助觀測。
分子檢測：在以下情況時直接檢測病毒非常有用。
Pap診斷不明確時：一些Pap涂片中的細胞既不是完全正常，也非完全異常。這種臨界狀態稱為“未確定性質的非典型鱗狀上皮細胞”或ASCUS。HPV檢測可能進一步區分接近異常（HPV陽性）和接近正常（HPV陰性）的細胞。
宮頸治療后：HPV病變（不典型增生、CIN）在子宮頸治療后聯合HPV陰性和Pap結果正常來判斷療效較單一采用Pap更可信，而且敏感性接近陰道鏡。
對30～35歲婦女聯合Pap篩查：30歲以上子宮頸正常的婦女HPV很少出現陽性，HPV聯合Pap檢測能顯著減少假陰性結果，發現Pap難以檢出的宮頸病變。30歲以下子宮頸正常的婦女中HPV檢測陰性率高，使其不能作為初次篩查手段。目前歐洲正在進行大規模研究來評估這一方法。
HPV檢測在以下情況時作用不大：
作為STDs篩查手段：超過26%年輕婦女出現HPV陽性，許多人不會出現疣或子宮頸病變。這種情況下檢測的臨床意義不大，例如目前對這種狀態的HPV沒有抗病毒方法。
作為LSIL或HSIL
Pap附加檢查。出現明顯Pap異常的婦女，無論是低度內皮損害（LSIL）還是高度內皮損害（HSIL），感染的是高危還是低危型HPV，都會出現HPV檢測結果陽性。這些婦女中大部分是高危型HPV陽性，所以這種情況下再檢測HPV既無意義也不經濟。超過35歲的LSIL
Pap婦女較少出現HPV陽性，大約為50%～60%，其原因是該年齡段雌激素降低引起的與HPV無關的非典型改變或其它上皮改變較多。因此對超過35歲的LSIL婦女檢測HPV較有意義。
Pap涂片：存在HPV而引起的子宮頸細胞異常可通過Pap涂片來篩查。由于這并非直接檢測HPV，其結果異常不能絕對支持存在HPV。許多研究發現，大約40%的未確定性質的非典型磷狀上皮細胞（ASCUS），大約75%～94%的LSIL
Pap、及超過90%的HSIL Pap婦女的HPV檢測陽性。
選擇Pap涂片的理由：子宮頸處的細胞改變在多年以后最終會導致子宮頸癌產生。Pap涂片能發現這些改變，以便在癌變出現前對它們進行評估和治療。美國的Pap涂片篩查后子宮頸癌的發病減少70%。