關于巴斯德效應的機制，很早就提出了許多學說。現已證實，第一個調節點是磷酸果糖激酶，此酶是變構酶，它受ATP、檸檬酸及其他高能化合物抑制，被AMP、ADP激活。在好氣條件下，糖代謝進入三羧酸循環，產生檸檬酸等，并通過氧化磷酸化生成大量ATP，細胞內檸檬酸生成量增加，反饋阻遏磷酸果糖激酶的合成，這種阻遏作用由于ATP的存在而加強，同時ATP反饋抑制此酶的活性。由于磷酸果糖激酶受抑制，導致6-磷酸果糖積累，當反應6-磷酸葡萄糖與6-磷酸果糖相互轉化達平衡時，醛糖與酮糖的物質的量之比=7:3，導致6-磷酸葡萄糖積累。在酵母中，6-磷酸葡萄糖反饋抑制己糖激酶，抑制葡萄糖進入細胞內，最終導致葡萄糖利用率降低。
同時，在好氣條件下，丙酮酸激酶的活性降低，此酶受磷酸果糖激酶催化生成的1，6-二磷酸果糖的激活，因此丙酮酸激酶活性降低也是由于磷酸果糖激酶活性降低所致，丙酮酸激酶活性降低，導致磷酸烯醇丙酮酸積累，后者反饋抑制己糖激酶的活性，從而也降低了糖的酵解速度。