微衛星DNA又稱短串聯重復序列(short tandem repeats， STR) 、簡單重復序列(simple sequence repeat， SSR)，指DNA基因組中小于10個核苷酸的簡單重復序列，廣泛存在于真核基因組中，多數以2～6個堿基為核心單位、串聯重復排列的序列。
1974年，Skinner 在寄居蟹中發現了衛星DNA的重復序列(TAGC)n。1981 年， Miesfeld 等從人類基因文庫中發現了微衛星DNA。隨后人們發現這種簡單重復序列在真核 生物 中廣泛存在。Tautz和Renz(1984)發現這種短的重復是真核基因組獨有的，并稱之為“簡單重復”。后來Litt等(1989)在心肌肌動蛋白的基因內擴增了一種二核苷酸重復，首創“微衛星(microsatellite)” 這個名稱。Edwards等(1991)所謂的SSR是上述命名的連續。
1 原理
SSR標記分析的基本原理是利用某一SSR兩翼區域特定的DNA序列，來設計位點專一的一對引物，在PCR儀上擴增單個SSR位點，通過電泳，進行SSLP分析，在此基礎上進行相應的遺傳分析。
2 實驗流程
從有關數據庫（GenBank, EMBL DDBJ等）或文章中查詢
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構建基因組文庫,篩選SSR位點→獲得引物 ← 使用近緣種的引物
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PCR擴增
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凝膠電泳
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數據處理
3 特點
優點：SSR在真核 生物 基因組中分布廣、多態性豐富；其產物進行測序膠電泳分離時單堿基分辨率高、遺傳信息量大；SSR通常為顯性標記，呈孟德爾式遺傳，具有很好的穩定性和多態性，DNA用量少，技術要求低，成本低廉，PCR擴增的可重復性高。?
缺點：開發和合成新的SSR引物投入高、難度大；現有的SSR標記數量有限，不能標記所有的功能基因，不能構建飽和的SSR遺傳圖譜；SSR多態性的檢測和應用很大程度上依賴PCR擴增的效果；SSR座位突變率高，對變異反應非常敏感等等。
4 應用
SSR可用于構建遺傳圖譜，遺傳標記選擇，建立DNA指紋，用于品種鑒定，或是利用標記輔助選擇，加快育種速度等。另外，SSR標記還有其它的用途。如用于基因定位、QTL分析、系譜分析、親源關系鑒定、群體間遺傳距離分析、進化和遺傳多樣性研究等。