核蛋白體（核糖體）：細胞質中無胞膜的顆粒結構 ，直徑150-200埃。
中間體（中體）：包圍質的膜折皺陷入到質細胞里的結構。
異染顆粒：用染料多色美蘭染色，菌體部分蘭色顆粒紅紫色，故稱異染顆粒。
脂類顆粒：細菌在代謝過程中積累起來，但不能被細菌作養料脂類顆粒。
多糖顆粒：有糖原和淀粉二類顆粒，可作為細菌的能量來源。
液泡（Vacuole）：細胞質內清晰的空間。
芽孢（內生孢子Endospora）：某些細菌生長到一定階段，有細胞內形成一個圓形成圓柱形的對不良環境條件具有較強的抵抗力休眠體叫之。
孢囊（cytocyst）：由營養細胞縮短變成球菌，表面形成一層厚的孔壁稱之。
伴孢晶體（parasporal crystal）：某些芽孢桿菌，如蘇云金桿菌，在細胞內產生一種晶體狀多肽類內含物稱之。
裂殖生殖（Schixoteny）：營養體多重分裂的無性生殖。
裂殖（schizogenesis）：表現為細胞的橫分裂稱為裂殖。異形裂殖：裂殖后形成子細胞與母細胞大小不相等，稱為異形裂殖。
同形裂殖：裂殖后形成子細胞與母細胞大小相等，稱為同形裂殖。
裂殖體（Schizont）：瘧疾寄生物無性生活周期的一個階段。
菌落（集落bacterial colony）：固體培養基上肉眼可見的微生物生長物（微生物的單個個體或孢子在固體培養基上生長繁殖后形成肉眼可見的集團）
菌苔（bacterial lawn）：幾個菌落連在一起成片生長。
培養基（media）：是人工配制的適合于不同微生物生長繁殖或者積累代謝產物的營養基質
基內菌絲（營養菌絲，substrate mycelium），長在培養基內的放線菌菌絲。菌絲無分隔，可以產生各種水溶性、脂肪性色素，使培養基著色。
氣生菌絲（二級菌絲）：由基內營養菌絲長出培養基外伸向空間的放線菌菌絲。氣生菌絲直生或分枝絲狀，較基內菌絲粗。
孢子絲（sporotrichial）：當生長發育到一定階段，在其氣生菌絲上分化出可形成孢子的放線菌菌絲。
水華或水花（Bloom）：在水中有大量的藍細菌生長，繁殖茂盛，使水隨的顏色隨藻類的顏色而變化，許多細胞集結在一起形成“水華”或“水花”。（由大量浮游生物生長所引起的水體表面呈色區）
共生關系（symbiotic system）：幾種生物在有機聯系的共生條件下互相得益的關系，有的共生達到了彼此不能分離的程度，或若分離后生長不良。地衣（lichen）：藍細菌與真菌形成的共生體。
隔膜（Septum）：菌絲體中的模壁。
菌絲（hypha）：多數真菌的典型營養體呈現絲狀或管狀單一的細絲叫菌絲（叫菌絲）。
菌絲體（mycelium）：由許多菌絲連結在一起組成的營養體類型叫菌絲體。
有隔菌絲（Septa hypha）：真菌有隔膜的菌絲叫有隔菌絲。
無隔菌絲（Non-septa hypha）：真菌沒有隔膜的菌絲叫無隔菌絲。
Z型菌絲（Z-hypha）：有些真菌的營養體類型，在寄主體內和人工培養基上是兩種不同類型的菌體稱之。
吸器（吸胞）（Haustorium）： 真菌菌絲某處生出特殊形態的菌絲體或菌絲的變態物，伸入寄主體內吸取養分，這些變態物叫吸器。菌環（菌套annulus）： 捕食性真菌形成環狀，叫菌環（菌套）。
菌網（macterial net）： 捕食性真菌形成網狀，叫菌菌網。
假根（Rhizoid）：一種單一的或多細胞的在菌絲下方生長出發絲狀根狀菌絲，伸入基質中吸收養分并支撐上部的菌體，呈根狀外觀。
菌核（Sclerotium）：真菌生長到一定階段，菌絲體不斷地分化，相互糾結在一起形成一個顏色較深而堅硬的菌絲體組織顆粒。
子座（Stroma）：是菌絲分化形成的墊狀結構，或是菌絲體與寄主組織或基物結合而成的墊狀結構物。
菌索（Rhizomorph）：是菌絲體集合形成的繩狀結構。多生于樹皮下或地下，形似根狀結構物）
菌絲束（hyphal strand）：菌絲平行排列的繩狀結構。
蕈菌（子）（fungal）：由大量菌絲緊密結合形成的真菌子實體。
真菌鞭毛（cilium）：是單獨的細胞器，不是孢子體軀的延伸，它來源于中心粒系統，由9+2根微管（31根亞纖絲）組成結構物。
接合孢子（zygospore）：是接合菌的有性孢子，由菌絲長出形態相同或略有不同的配子囊接合而成。
strong> 子囊孢子（ascospore）：子囊菌的有性配子或生于子囊內的有性配子叫之。
擔孢子（basidiospore）：擔子菌的有性孢子為擔孢子，是一種外生孢子。
半知菌（fungi imperfecti）：因為只了解其生活史的一半，因此常稱為半知菌。
食用菌（edible fungi）：泛指所有可以吃食的真菌。
食用菌（edible mushrooms）：指真菌中有肥大肉質和膠質的繁殖器官（子實體），可以供人類吃食的大型的絲狀真菌。
毒傘菌（poisonous mushrooms）：能產生毒素的大型的絲狀真菌。
營養體（nutrition body）：真菌營養生長階段的結構稱為營養體。
游動孢子（zoosporangiospore）：鞭毛菌產生的無性孢子。由割裂方式產生，有鞭毛，在在水中游動。
孢囊孢子（sporangiospore）：接合菌產生的無性孢子。由割裂方式產生，無鞭毛，不能游動。
分生孢子（Conidium）：一種無性孢子，可以為一到多個細胞的，和有許多不同的形狀（子囊菌、擔子菌、半知菌產生的無性孢子， 大多由芽 殖、裂殖方式產生）。
厚垣孢子（chlamydospore）：各類真菌均可形成的無性孢子，由斷裂方式產生，壁厚，壽命長，能抗御不良外界環境。（一種厚壁的有抵抗能力的孢子，由菌絲體直接分第而來，菌絲體內原生質和營養物質集中）
休眠孢子囊（resting sporangium）：是某些低等鞭毛菌的有性孢子，由鞭毛菌同型兩性接合生育而成。
卵孢子（oospore）：是鞭毛菌中卵菌的有性孢子，由異型兩性接合生育而成