RPGN為一臨床綜合征，病因不同其預后及治療也有所不同，因此除與其他臨床綜合征相鑒別，還需對其病因作鑒別診斷。
1、急性鏈球菌感染后腎炎
起病情況二者可相似。但急性鏈球菌感染后腎炎(PSAGN)多有明確的鏈球菌前驅感染史，自前驅感染至腎炎發病期間常有1~3周的無癥狀間歇期，雖起病后初期也可有尿量減少或一定程度的氮質血癥，但大多數PSANG患兒于2~3周后明顯好轉，且起病6~8周內血補體C3下降、繼之恢復。鑒別困難者可行腎活檢，PSAGN呈毛細血管內增生性腎炎改變，而RPGN則呈新月體腎炎改變。
2、溶血尿毒綜合征
臨床以微血管溶血性貧血、血小板減少、急性腎功能減退為特點。大多為嬰幼兒發病，有前驅腹瀉病史。除急速進展的腎功能減退外，還有出血、溶血表現(如蒼白、瘀點、末梢血片中有形態多樣的破碎紅細胞、盔狀紅細胞、網織紅細胞增多)，血小板減少等。
3、全身性疾病繼發的RPGN
較常見的如系統性紅斑狼瘡、過敏性紫癜腎炎等。
4、在原腎小球疾病基礎上又發生了新月體病變
常致病情急劇惡化，此尤易發生于膜增生性腎炎(MPGN)、IgA腎病時。
5、區分原發RPGN的三種類型
因其預后及治療有所差別。其中Ⅰ型并伴肺出血者即Goodpasture癥，臨床上以咯血、呼吸困難、血尿、蛋白尿為主要表現，并出現急速的腎功能減退。多數病兒先有咳嗽、咯血及呼吸困難，數日或數周后始出現腎受累表現；也可肺部與腎的癥狀同時出現，少數可先有腎炎癥狀，其后才現肺部癥狀。雖多數腎功能較迅速惡化，但少數病例腎功能于病程中也可有所波動。胸片可見散在的斑片狀、粟粒狀或網狀陰影，痰內(也可檢胃液)有含鐵血黃素細胞。