如前所述，慢性淺表性胃炎的并不典型，癥狀的嚴重程度與實際胃粘膜病變程度往往不完全一致，有的患者消化不良的表現非常明顯，然而胃鏡下粘膜的病變卻非常輕微，有的患者沒有出現任何癥狀，體檢胃鏡時卻出現了明顯的淺表性胃炎的征象。因此，對于慢性淺表性胃炎的診斷，主要依賴于相關檢查而非臨床表現。常用的檢查方法如下：
1. 胃鏡及鏡下粘膜活檢：是診斷淺表性胃炎的主要方法，通過胃鏡直接觀察、攝像，可對慢性淺表性胃炎初步診斷，進一步在直視下取活組織作病理學檢查則可進一步確認慢性淺表性胃炎。鏡下，慢性淺表性胃炎主要表現為點片狀或條帶狀的紅斑，病變區域往往紅白相間，但以紅相為主，胃粘膜可失去光滑，表現出充血，水腫，出血等征象。需要注意的是，活組織行病理檢查中，醫師往往要求患者治療后復查并多次取活組織行病理檢查，這是為了預防假陰性結果的出現。
對于部分患者而言，可能會對胃鏡檢查的過程不能忍受或心存恐懼，這時可考慮麻醉后再行胃鏡檢查（即無痛胃鏡），以減輕胃鏡檢查的不適感。
2. 尿素酶試驗或核素標記C13呼氣等試驗:目的在于檢測是否存在幽門螺旋桿菌感染，主要用于評價幽門螺旋桿菌根除治療后的療效。