PCR也可以用于檢測一個生物中是否存在某特定DNA序列,這被稱為基因型鑒定。例如,基因型鑒定可通過發現樣品中是否存在某種群特異性序列來判斷樣本的真實性。基因型鑒定還可用于法醫分析判斷在現場發現的DNA樣品是否和嫌疑人的吻合,令兇手無處遁形。