無花果蛋白酶可抑制水果發生褐變,所以可以用作蔬菜、水果、蝦等天然食品的保鮮劑。另外,無花果蛋白酶具有較強的蛋白水解能力、凝乳、解脂和溶菌活力,是能作用于各種蛋白質的純天然物質。具有耐高溫、活性強、穩定性高等特征,對 pH的變化和金屬離子及去垢劑不敏感,在醫藥、食品、輕工、化妝品、飼料和生命科學研究方面有廣泛的應用。
主要用于啤酒抗寒（水解啤酒中的蛋白質，避免冷藏后引起的渾濁）；
肉類軟化（水解肌肉蛋白質和膠原蛋白，使肉類嫩化）；
焙烤時的面團調節劑；干酪制造時的乳液凝固劑（代替凝乳酶）。
使蝦的外殼與肉分離以達到機械化去殼，亦可使蛤肉與其內臟分離。也可作為殺蟲劑和化妝品的添加劑。