從定義來看：
熒光原位雜交方法是一種物理圖譜繪制方法，使用熒光素標記探針，以檢測探針和分裂中期的染色體或分裂間期的染色質的雜交。
染色體核型分析是將待測細胞的染色體依照該生物固有的染色體形態結構特征，按照一定的規定，人為的對其進行配對、編號和分組，并進行形態分析的過程。
從運用場景來看：
熒光原位雜交是一種非放射性分子細胞遺傳技術，以熒光標記取代同位素標記而形成的一種新的原位雜交方法。FISH的基本原理是將DNA（或RNA）探針用特殊的核苷酸分子標記，然后將探針直接雜交到染色體或DNA纖維切片上，再用與熒光素分子偶聯的單克隆抗體與探針分子特異性結合來檢測DNA序列在染色體或DNA纖維切片上的定性、定位、相對定量分析。
染色體組型分析是細胞遺傳學研究的基本方法，是研究物種演化、分類以及染色體結構、形態與功能之間關系所不可缺少的重要手段。通過染色體核型分析，可以根據染色體結構和數目的變異情況來判斷生物是否患有某種因染色體片段缺失、重復或倒置等引起的遺傳病。
從監測采樣量來看：
熒光原位雜交可以用來做定性和定量分析，相對來說采用樣數量可大可小，一般都是比較微量的樣本。
染色體組型分析是通過核型分析來確定的，所需要的樣本數量較多，檢測的是人體所有的染色體組，基本可以見到全部染色體的數目異常和部分結構異常。
簡單地說，熒光原位雜交是用來監測染色體上的基因片段的，而染色體組型分析是用來看染色體數量和形態的。基于以上分析染色體熒光原位雜交和染色體核型分析不一樣。