含兩個以上磷酸基的核苷酸。只帶一個磷酸基的核苷酸，叫核苷一磷酸，帶兩個磷酸基的核苷酸叫核苷二磷酸，依此類推。
如腺嘌呤核苷酸有腺苷一磷酸（即腺苷酸，AMP）、腺苷二磷酸（ADP）、腺苷三磷酸（ATP）和脫氧腺苷一磷酸（即脫氧腺苷酸，dAMP）、脫氧腺苷二磷酸（dADP）、脫氧腺苷三磷酸（dATP）。
天然的核苷多磷酸中，磷酸基多是與戊糖的5′-羥基相連。4 種核苷三磷酸（ATP、GTP、CTP和UTP）、4 種脫氧核苷三磷酸（dATP、dGTP、dCTP和dTTP）分別是RNA和DNA生物合成的原料。