從20 世紀40 年代建立電子顯微鏡技術以來, 經過不斷的改進和提高, 采用電子顯微鏡技術檢測植物病毒已成為比較重要的病毒鑒定和檢測手段。電子顯微鏡以電磁波為光源, 將感病植物組織制成檢測樣本, 利用短波電子流, 在電子顯微鏡下觀察, 可根據病毒的形態、大小、內含體以及染病組織超微結構等診斷病毒的種類。分辨率可達到0.1 nm, 而病毒粒體大小為10~100 nm。因此, 應用電鏡方法鑒定和檢測病毒, 應該先對不同病毒組的形態和典型病毒的特點有所了解。電鏡技術的先進性主要表現在取樣比較簡便, 需要時間短, 大多數病毒能通過制備樣品和進行負染來鑒定。
但是對初學者來說, 掌握這種方法的難度比較大, 而且往往容易受到破碎細胞器的干擾而影響判斷結果。用電鏡觀察時, 需要樣品含有的病毒濃度較高, 因此被檢病毒需要經過提純, 即用超速離心機反復低溫離心, 把病毒粒子提純分離出來。提純液可用于電鏡制片, 觀察病毒形態結構。