根據配制緩沖液的介質的不同,可以把CE分為水相毛細管電泳和非水毛細管電泳(NACE)。NACE是以有機溶劑作介質的電泳緩沖液代替以水為介質的緩沖溶液,增加了疏水性物質的溶解度,特別適用于在水溶液中難溶而不能用CE分離的物質或在水溶液中性質相似難以分離的同系物,拓寬了CE的分析領域。