大量蟲卵沉積在膀胱及遠段輸尿管黏膜下及肌肉內，引起嗜酸性粒細胞性肉芽腫，很快膀胱黏膜增厚及發生潰瘍，慢性感染時，整個膀胱受侵犯，纖維化及瘢痕形成，由于纖維組織收縮，膀胱容量變小，形成膀胱攣縮，輸尿管口可因膀胱纖維化狹窄或擴張而失去活瓣作用，引起梗阻或尿反流，導致輸尿管及腎積水，輸尿管也可因蟲卵沉積形成肉芽腫使輸尿管狹窄，輸尿管及膀胱周圍可形成纖維脂肪瘤病(fibrolipoma)，壓迫輸尿管加重輸尿管梗阻，如繼發細菌性感染可導致腎盂腎炎甚至膿腎，影響腎功能，約10%的患者由于梗阻及感染而發生腎，輸尿管或膀胱結石，泌尿生殖道之間或尿路小腸之間可發生瘺管。
埃及血吸蟲病也可累及前列腺，精囊，子宮頸，陰道，陰唇，卵巢或輸卵管，蟲卵也可沉積在盲腸，結腸，直腸，肝，肺，腦及脊髓等處引起病變，曾有報道由于血吸蟲卵致淋巴管梗阻，導致外生殖器發生象皮腫，蟲卵隨血循環到達肺部，可引起肺部粟粒樣肉芽腫，大量蟲卵反復栓塞肺小動脈致慢性肺動脈高壓及肺源性心臟病，雖然在流行區病人青春期以后蟲卵排出減少，如果不治療，病變仍可繼續發展，膀胱因受累日久而癌變較常見。