物理圖是指標明一些界標（例如，限制酶的切點、基因等）在DNA上的位置，圖距以物理長度為單位，例如染色體的帶區、核苷酸對數目等。人類基因組計劃的研究目標是，構建人的每條染色體的STS圖，標記之間相距約10Okb。
獲得一組組DNA片段的克隆，組內兩兩片段之間有共同的重疊序列；或是獲得標記按正確次序排列、相互毗鄰的片段，其連續長度超過2000kb，以便把染色體分段進行研究。
