mRNA的加工在真核生物、細菌和古細菌中差異很大。實質上，非真核mRNA在轉錄時是成熟的，除極少數情況外不需要加工。然而，真核pre-mRNA需要大量加工。
5’端加帽子：5‘ 帽（也稱為RNA帽，RNA 7-甲基鳥苷帽或RNA m7G帽）就是一個經修飾的鳥嘌呤核苷酸，在轉錄開始不久后就被添加到新產生的真核mRNA的“前”即5'末端。 5’帽由末端7-甲基鳥苷殘基組成，它通過5'-5'-三磷酸鍵與第一轉錄出的核苷酸連接。它的存在對于核糖體的識別和對mRNA的保護至關重要。
3’端加尾：是指聚腺苷酰基部分與mRNA分子的共價連接。在真核生物中，大多數信使RNA（mRNA）分子在3'末端被多聚腺苷酸化。Poly A尾巴和與其結合的蛋白質有助于保護mRNA免于被核酸外切酶降解。3’端加尾對于轉錄終止，從細胞核輸出mRNA和翻譯也很重要。 原核生物中的mRNA也常被3’端加尾，但此時的poly（A）尾巴促進而不是防止核酸外切酶對mRNA的降解。