正確的儀器使用方法和及時的儀器維護是延長儀器壽命、保證儀器正常運轉的有效途徑之一。
石墨爐的維護在石墨爐膛部分，因為里面是加熱高溫-低溫冷卻一個循環過程。同時，里面還有還原性強的石墨產生積碳，此外還有不同的待測物質灰化時產生的煙霧，這些都會在爐膛或者是爐膛光路上的透鏡附近凝結。如果長時間不清理，爐膛底部的光控溫鏡可能會因為積碳的干擾，失去控溫能力，導致石墨管燒斷。
自動進樣器也是維護的重點對象，石墨爐報出數據的精密度低，跟進樣量少（10~30ul）有很大關系。其中的毛細管道長年用蒸餾水作為清洗液，難免會有空氣灰塵進入并在管路拐彎處集結。日積月累，如果有一天發現自動進樣器吸樣或清洗時出現了壓力延遲，可能就是此原因了。
同時，如果長久不用，儀器可能會長出青苔。定時用稀硝酸清洗是最好的選擇，但是清洗完畢記得在用蒸餾水清洗管路，因為里面的注射器活塞式金屬質地的。