1.等電聚焦后可用一根染色的細線（0.1mm）標出染料前沿的位置；
2.不同品牌的載體兩性電解質性質上有細微的差別，使用不同來源的載體兩性電解質凝膠時候蛋白質分離樣式略有差異，若要獲得最好的重復性一般不要更換載體兩性電解質的品牌；
3.通常，窄范圍的pH梯度可以提高分辨率，但是需要時間也比較常，pH梯度范圍為2是較好的選擇；
4.由于電源和凝膠冷卻系統的限制，最長的凝膠長度為8－10cm，實際上，分別電泳幾塊不同的pH梯度的凝膠比只電泳一塊較長凝膠效果更好；
5.當等電聚焦電泳時間很長時候（〉3000V·h），由于載體兩性電解質不穩定造成的陰極漂移將成為嚴重問題，陰極漂移會破壞pH梯度，尤其是 pH8以上的梯度，為了克服此問題，開發了一種較短時間（1600V·h）完成等電聚焦電泳的技術，即非平衡pH梯度電泳，這樣可以在高pH范圍內聚焦蛋白質，但該方法不能用來測定蛋白質等電點。
6.尿素可以促進蛋白質溶解，并消除蛋白質－蛋白質及蛋白質－脂類相互作用，可增加聚焦速度和提高分辨率，同時抑制陰極漂移，但是也要注意變性蛋白質的等電點可能同天然蛋白有所差異。
7.若蛋白溶液中含有SDS，可加入尿素至終濃度8M，在高濃度的尿素下，SDS同蛋白質的相互作用極小。
8.在變性液中加入2%Triton X－100以保證蛋白質（尤其是膜蛋白）的充分溶解，有些作者推薦使用如CHAPS和Zwittergent3－14等兩性離子去垢劑；
9.超薄凝膠（50-500μm）比常用標準等電聚焦更有優勢，因為高電場強度和更佳的冷卻效果使聚焦速度更快，分辨率更高。
10.在聚丙烯酰胺等電聚焦凝膠中，高分子量蛋白質（〉750kd）常常表現異常的遷移行為，瓊脂糖凝膠或瓊脂糖－丙稀酰胺凝膠較適用于高分子量蛋白質。
11.考馬斯亮藍染色中，三氯乙酸固定后用0.25%SDS的乙醇：醋酸：水（33：10：57）溶液洗滌凝膠10-30min可以進一步改善染色效果。SDS同載體兩性電解質結合后可以更好的去除載體兩性電解質。