大部分假基因在染色體上都位于正常基因的附近,但也有位置在不同的染色體上的。假基因和正常基因的結構上的差異包括在不同部位上的程度不等的缺失或插入、在內含子和外顯子鄰接區中的順序變化、在5'端啟動區域的缺陷等。這些變化往往使假基因不能轉錄并形成正常的(mRNA)從而不能表達。