ELISA 法通過抗體特異性反應檢測菌落數，具有高靈敏性，也易于同其他方法結合。PicardC 等人通過測定酪蛋白糖多肽計算原料乳中嗜冷菌含量。利用單克隆抗體，檢測出成品奶樣中嗜冷菌，與平板計數法相關性達 0.96。從脫脂奶粉中檢測6種沙門氏菌，檢出線為10 CFU/mL，檢測時間為3h。CrociL等人在對豬肉樣品的檢測中，將 ELISA 方法和 PCR 法、平板計數進行對比，得出前面兩者都較為靈敏，最低檢出線為1-10個/25g，檢測結果符合 ISO 規定。
