SD序列的作用是與16S rRNA的3'端上一段富含嘧啶的序列結合,小亞基16S rRNA的3'端的這個小片段就被稱為反SD序列。當mRNA中的SD序列于16S rRNA上的反SD序列結合后,就指示了下游的AUG,即是蛋白質合成的起始密碼子。