與其他常用的導入外源物質的方法相比，電穿孔具有很多優點。
首先，不必象顯微注射那樣使用玻璃針，不需要技術培訓和昂貴的設備，可以一次對成百萬的細胞進行注射。
第二，與用化學物質相比，電穿孔幾乎沒有生物或化學副作用。
第三，因為電穿孔是一種物理方法，較少依賴細胞類型，因而應用廣泛。
實際上，對大多數細胞類型，用電穿孔法基因的轉移效率比化學方法高得多。
