很多廣譜抗菌藥都對銅綠假單胞菌無效或作用很弱，主要是抗菌藥物不能進入銅綠假單胞菌菌體內，故產生天然耐藥。細菌接觸抗生素后，可以通過改變通道蛋白（porin）性質和數量來降低細菌的膜通透性而產生獲得性耐藥性。正常情況下細菌外膜的通道蛋白以OmpF和OmpC組成非特異性跨膜通道，允許抗生素等藥物分子進入菌體，當細菌多次接觸抗生素后，菌株發生突變，產生OmpF蛋白的結構基因失活而發生障礙，引起OmpF通道蛋白丟失，導致β-內酰胺類、喹諾酮類等藥物進入菌體內減少。在銅綠假單胞菌還存在特異的OprD蛋白通道，該通道暈粗亞胺培南通過進入菌體，而當該蛋白通道丟失時，同樣產生特異性耐藥。