診斷標準
腸型白塞病通常先出現白塞病的癥狀，口腔黏膜潰瘍及外陰部潰瘍最為常見，以后再出現腸道病變，消化道因多發性潰瘍而出現腹痛等癥狀就診，腸道病變的診斷主要依靠內鏡和鋇灌腸檢查，內鏡見到腸管黏膜特別在回盲部有邊緣清楚的圓形或近似圓形的單個或多個潰瘍，為其特征性改變，潰瘍底部大多覆以黃白苔，由于腸管變形，潰瘍的觀察往往不太容易，X線檢查常在回盲部發現黏膜集中的潰瘍龕影，腸型白塞病半數以上的病例不出現眼癥狀，所以在診斷時要詳細地詢問病史，對于少數患者最初以腸道潰瘍起病，往往難以確診。
鑒別診斷
1.單純性潰瘍 原因不明，好發回盲部的圓形或卵圓形深潰瘍，組織學表現為非特異性炎癥，缺乏白塞病的口腔潰瘍，外陰潰瘍，眼炎等臨床特異性表現。
2.非特異性潰瘍性結腸炎 潰瘍是從直腸始向上發展可至全結腸，且有連續性，表淺性，彌漫性，非特異性等特點，黏膜充血，水腫，慢性者可有假性息肉形成，腸腺隱窩底部聚集大量中性粒細胞，形成特征性的小隱窩膿腫以及隱窩膿腫融合破潰形成黏膜糜爛或淺潰瘍，一般限于黏膜或黏膜下層，隱窩膿腫是非特異性潰瘍性結腸炎較有意義的特征。
3.克羅恩病 好發于回盲部，為節段性病變，典型者黏膜有“鋪路石”征象，全腸壁均有炎性改變是其特征性表現，腸壁或腸系膜淋巴結可見有典型的肉芽腫改變，中心是類上皮細胞，多核巨細胞及纖維結構，無干酪樣壞死，具有診斷意義，可合并口腔潰瘍，眼炎，皮膚紅斑等腸外表現，但外陰潰瘍罕見。
4.腸結核 腸結核多繼發于開放性肺結核；病變主要涉及回盲部，有時累及鄰近結腸，結核菌素試驗陽性，缺乏白塞病的口腔潰瘍，外陰潰瘍，眼炎等臨床特異性表現，對鑒別有困難者，建議先行抗結核治療觀察療效，有手術適應證者可行手術探查，病變腸段與腸系膜淋巴結病理組織學發現干酪樣壞死性肉芽腫可獲確診。
5.急性闌尾炎 急性腹痛起病，常有轉移性右下腹痛，壓痛限于麥氏點，血象白細胞計數增高顯著，一般無白塞病的口腔潰瘍，外陰潰瘍，眼炎等臨床表現可資鑒別，有時需剖腹探查才能明確診斷。
6.其他 還應和淀粉樣變病，缺血性腸炎，結腸憩室炎等鑒別。