真菌種類很多，廣泛存在于自然界，約有50余種對人體致病，其中20余種可以引起全身感染。深部真菌感染以吸入為主要途徑，肺部為最容易發病的臟器。近年來，由于廣譜抗生素、激素、細胞毒性藥物和免疫抑制藥的廣泛應用，使機體免疫功能受抑制，真菌繁殖的機會增多。據Hart統計，1964～1967年間肺部真菌感染發病率比1960～1963年間增加了4倍。我國近20余年尸檢資料顯示，肺部真菌病的發病率增長了35.7倍。75%以上的真菌感染繼發于嚴重疾病的末期，如白血病、惡性腫瘤、艾滋病、嚴重感染及器官移植后。
肺真菌病的感染途徑有：①原發性感染：包括內源性感染，即在正常人口腔和上呼吸道寄生的真菌，如放射線菌、念珠菌，由于機體免疫功能低下而侵入肺部引起感染；外源性感染，即吸入帶有真菌孢子的粉塵而致病，如隱球菌、曲霉菌和白霉菌感染等。②繼發性感染：由體內其他部位的真菌感染經血液或淋巴系統播散至肺，或鄰近臟器的真菌感染直接蔓延到肺部。
肺真菌病常缺少特征性表現，可為過敏反應、急性炎癥、化膿性病變或慢性肉芽腫病變。現就常見的幾種真菌病介紹如下。
1.肺組織胞漿菌病
病原體是莢膜組織胞漿菌，感染途徑為呼吸道侵入。發病后大部分患者無癥狀或僅有輕微的不適。急性感染期重癥患者可有發熱、胸痛、咳嗽、咯血、發紺和全身不適。胸部X線表現為肺內片狀浸潤、小結節或粟粒狀陰影。少數患者表現為持續性發熱、咳嗽、胸痛和長期胸部X線改變。隨著肺部浸潤的吸收，可濃集成一個孤立的結節影，由于大量膠原纖維的增生，這種結節會逐漸增大，常常不能與早期支氣管肺癌相鑒別。慢性感染可持續數年，肺部可出現慢性空洞、肺纖維化和肺氣腫等。
Takaro（1989）提出胸外科常見的組織胞漿菌病有三種類型：①慢性肉芽腫型：為肺內孤立性結節病灶；②慢性空洞型組織胞漿菌病，應與肺結核，其他肺真菌病或惡性腫瘤相鑒別；③縱隔肉芽腫病，表現為縱隔淋巴結鈣化或肉芽組織纖維化。在肺和縱隔淋巴結中，組織胞漿菌病能引起強烈的肉芽腫性纖維反應，造成嚴重后果，如上腔靜脈壓迫綜合征、支氣管狹窄、支氣管鈣化結石病、中葉綜合征等。組織胞漿菌病也可引起真菌敗血癥及心內膜炎、心包炎。
診斷組織胞漿菌病的金標準是真菌培養。組織病理檢查或細胞學檢查找到病原菌亦可明確診斷，但陽性率低。血清學試驗也是一種重要的診斷手段。兩性霉素B是治療組織胞漿菌病惟一有效藥物。
2.肺球孢子菌病
肺球孢子菌病是一種侵襲肺的化膿性與肉芽腫樣感染性疾病。由于目前免疫缺陷患者數量增多，其散發病例較過去更為常見。感染肺球孢子菌病后，許多人可完全沒有癥狀或癥狀輕微，病程短，常自愈。少數免疫功能低下或再吸入大量孢子菌者，不但肺部癥狀加重，而且可播散到淋巴結、皮膚、肝、脾、腎、骨關節及腦脊膜等各種器官而引起相應的損害和并發癥。如果腦脊膜受累得不到治療，病死率高達68%。
病理改變與肺結核相似，初發為原發綜合征，包括實質性肺炎及區域淋巴結炎。再感染常發生淋巴結干酪樣變、胸腔積液、肺炎、肺空洞以及肺受累部位的鈣化或纖維化。球孢子菌病空洞的主要并發癥是繼發膿腫形成、空洞破裂、支氣管胸膜瘺、膿胸及咯血。如果發生血源性播散，肺部表現為粟粒樣改變。
大多數原發感染的患者沒有癥狀，有癥狀者僅占25%，主要癥狀有發熱、咳嗽、胸痛及全身不適。早期有10%的患者有皮膚損害（紅斑、疹塊）和輕微的關節炎表現，稱為沙漠風濕病。
胸部X線表現為浸潤性病變，急性期有肺粟粒病變、肺炎浸潤、肺門淋巴結腫大、胸膜或心包積液。慢性期表現為纖維結節性病變、肺空洞，有的可出現自發性氣胸及膿胸。
痰培養或其他體液培養的陽性結果是確診本病的重要依據，而胸膜活檢標本的培養要比體液更有價值。
3.肺隱球菌病
肺隱球菌病是由新型隱球菌感染引起的亞急性或慢性肺部真菌病。新型隱球菌分布較廣，常存在于灰塵、鳥（如鴿子）糞、鼠糞、土壤或霉爛的蔬菜水果中，經呼吸道侵入人體而致病。Minamoto和Rosenberg（1997）的研究表明，免疫缺陷的患者感染新型隱球菌已成為第四大常見機會感染，約6%～10%的隱球菌患者是艾滋病患者。據估計，10%AIDS患者有隱球菌性腦脊膜炎，其中約60%患者死于這種感染。人們還注意到長期應用抗生素、皮質類固醇激素、抗癌藥物及免疫抑制劑等治療能增加隱球菌易感性。糖尿病、淋巴瘤、慢性肺病、結核、結節病、肺癌、器官移植者，常伴發本病。
肺隱性球菌感染的病理改變是輕微的炎性病變，早期為黃白色膠胨樣病灶，晚期病例為大小不等的肉芽腫，表現為肺門淋巴結腫大，肺內結節性病灶。
臨床表現常無癥狀或胸痛、咳嗽、咳血痰、低熱、全身不適等。胸部X線檢查，病灶可發生在肺的任何部位，常是雙側，多在肺下部，可呈孤立病灶或呈數個結節病灶，有的類似腫瘤，有的似粟粒型肺結核，也可呈肺浸潤性病變，與浸潤型肺結核很難鑒別。約10%的患者可形成空洞。
從患者的痰液、支氣管沖洗或刷檢液、腦脊液和經皮穿刺肺活檢找到病原菌可確立診斷。
肺隱球菌感染的患者如果診斷明確，一個療程藥物即可治愈，但經常是直到手術前仍未明確診斷。大多數患者術后也應使用藥物治療，常用藥物有兩性霉素B，氟胞嘧啶等。
4.肺曲霉菌病
肺曲霉菌病的病原菌多數為煙曲霉菌，少數為黃曲霉菌和黑曲霉菌。曲霉菌為條件致病菌，健康人肺中曲霉菌可不致病，而原有肺部疾病的人，容易繼發曲霉菌病。長期應用抗生素、激素或免疫抑制劑時，能助長曲霉菌病的發生。肺曲霉菌病多繼發于支氣管囊腫、支氣管擴張、塵肺、肺結核、肺膿腫、肺炎及結節病等疾病。也可發生于免疫功能低下者，如白血病、淋巴瘤、糖尿病、器官移植等患者。
肺曲霉菌感染引起急性炎癥反應，組織壞死或膿腫形成。侵及支氣管壁、肺血管，可形成急性壞死性化膿性肺炎。慢性期可形成非特異性肉芽腫，嚴重者可導致肺組織纖維化，也可侵入血管造成血行播散。曲霉菌常侵入肺部空洞病灶，而空洞病灶多來自原有的肺慢性疾患，如肺結核、結節病、組織胞漿菌病、支氣管擴張、支氣管源性囊腫、慢性肺膿腫及腫瘤樣空洞等。沒有明顯的原發損害而出現曲霉菌空洞的機會很少。Robinson等（1995）報道，在空洞型肺曲霉菌病的病肺中，可見到肺病變處有出血、組織壞死和充滿真菌壞死物的空洞。常伴有血管侵襲栓子形成和周圍肺組織實變。25%～30%肺結核凈化空洞可有曲霉菌繼發感染形成的曲菌球。
肺曲霉菌病有3種主要臨床類型：①曲霉菌性支氣管炎，表現為變態反應性急性支氣管炎，常伴有哮喘；②侵襲性或播散性曲霉菌病，多伴有血行播散，可表現為壞死性支氣管炎、出血性梗死、膿腫或血液感染；③曲霉菌瘤或曲霉菌球，常發生于肺的空洞性疾病。
臨床癥狀多為咳嗽、咳痰及反復咯血。急性病情重者，可出現弛張熱，伴有消瘦和惡液質。慢性期有類似肺結核癥狀。胸部X檢查，肺曲霉菌病呈斑點狀、結節狀或云霧狀陰影。肺曲霉菌球則呈圓形、橢圓形或重疊的多個圓形陰影。好發于肺上葉，尤以肺尖多見，一般為1個病灶，有時也可為多個病灶。
有創檢查是確診本病的主要手段。Ghopp（1995）報道，纖維支氣管鏡檢查的陽性率50%，經纖維支氣管鏡活檢或用18號針肺穿刺活檢，出現陽性結果即可明確診斷，而且對免疫缺陷患者格外有益。
藥物治療的效果主要取決于患者潛在的肺部疾患和免疫狀況，而非所給何種藥物。兩性霉素B用于侵襲性曲霉菌病的治療，氟胞嘧啶與兩性霉素B合用對抗曲霉菌有協同效果。氟胞嘧啶的主要副作用是骨髓抑制，故不常用。
5.肺念珠菌病
肺念珠菌病是由念珠菌屬各菌群，通常是由白色念珠菌感染引起的支氣管、肺部感染，表現為急性、亞急性或慢性炎癥。白色念珠菌常存在于人的口腔、咽喉、上呼吸道、陰道及腸道黏膜，一般不致病。但這些條件致病真菌常常感染免疫抑制的患者或長期接受抗生素治療的住院患者，造成真菌的過度繁殖。留置尿管、靜脈插管或氣管插管者亦為易感者。
肺念珠菌病，可造成急性或慢性肉芽腫反應，肺泡壁增厚，肺和細支氣管纖維組織增生及膿腫形成。肺內病灶中心呈干酪樣壞死，周圍為菌絲、巨細胞和上皮細胞包繞，病灶內可見到酵母樣孢子。胸部X線檢查可見片狀和結節狀陰影。可累及整個肺葉，多見于中下肺野，少數患者可表現為肺膿腫和形成空洞。
肺念珠菌病的診斷比較困難。據統計，50%～60%沒有念珠菌感染的患者，其呼吸道的分泌物中也存在念珠菌，36%醫院工作人員的痰中可分離出念珠菌。因此，從患者的痰中分離出念珠菌并不一定能確立診斷，多數人認為通過組織活檢可以診斷，但必須有支氣管黏膜或肺組織念珠菌侵入時方可確診。血液播散的患者，可以從尿、腦脊液中培養出念珠菌。
肺念珠菌感染的患者，聯合應用氟胞嘧啶和兩性霉素B治療，已證明是有效的方法。
6.肺毛霉菌病
肺毛霉菌病是指由毛霉菌目之根霉菌屬、毛霉菌屬和梨頭霉菌屬引起的潛在致命性肺真菌感染性疾病。臨床上以毛霉菌和根霉菌較為常見。根霉菌多累及鼻、鼻竇、眼眶、腦及消化道，并可血行播散到全身及肺。毛霉菌易侵犯肺臟。
這些病原菌都是腐物寄生，廣泛存在于腐敗植物、食品、糞便和正常人的鼻、咽腔中，是一種條件致病菌，通常對人無致病作用。在特殊情況下，如免疫缺陷和免疫抑制患者，可引起發病。在肺部，該病特征性的表現為血管受侵、栓塞和受侵器官的梗死灶，伴有膿腫和空洞形成。
肺毛霉菌病臨床極為少見，但通常為快速致死性疾病。糖尿病酸中毒、白血病、淋巴瘤患者或長期大量使用抗生素、激素、放化療患者，更易發生本病。
病理改變以出血壞死為主。表現為組織出血壞死、化膿性變、空洞形成、血管栓塞。Murray（1975）報道肺部致死性大咯血。Gartenberg等（1978）報道2例冠狀動脈搭橋手術使用彈性繃帶者，術后發現胸壁壞死感染，2例患者均死亡。雖然兩性霉素B是惟一有效的藥物，但據Bigby等（1986）報道，18例肺毛霉菌病患者，有11例單純施行手術治療獲得成功。Iedder等（1994）報道，外科手術切除病例病死率為11%，而單用藥物治療病死率為68%，故只要患者能耐受手術，應積極施行外科治療。
兩性霉素B是一種有效的抗真菌感染的藥物，已成為大部分真菌患者一線治療用藥，并作為手術治療肺真菌病的輔助藥。大多數早期肺真菌病患者，經過正規的抗真菌藥物治療即可治愈。對已形成肺膿腫、空洞、球形病灶、肉芽腫、支氣管結石等慢性期患者，在抗真菌藥物治療的同時應施行手術治療。