根據胃腸激素化學結構的類似性，將胃腸激素分為四個大家族,即胃泌素族(包括胃泌素和膽囊收縮素)促胰液素族（包括促胰液素胰升糖素舒血管腸肽和抑胃肽）、P物質族(包括P物質、蛙皮素、神經降壓素)、胰多肽族（包括胰多肽、酪酪肽、神經肽 y）。還有一些胃腸激素尚未確定它們的關系。同一家族的激素可能在來源上有共同的祖先，由于結構上的相似，在功能上也往往有相似之處。近年來發現，一種激素常常以大小不等的多種分子形式出現在不同的組織或血液中。一般來講，大的分子在體內維持的時間較長（半衰期長），但作用的強度往往比小的分子形式要弱。