胚層概念是研究個體發育和系統發育的一個指針。
有助于理解個體發育變化和各類器官發育形成的內在聯系。
例如眼球的視網膜和腦一樣是外胚層受到誘導產生的結構，而嗅囊與耳囊也是外胚層在另外的條件下受到誘導產生的結構。腎上腺的髓部來自外胚層，而皮質部來自中胚層，所以它們的內分泌性質很不相同。
胚層概念還有助于了解個體發育與系統發育的進化關系。
例如：團藻是單層細胞的生物，可認為相當于囊胚階段。
海綿和腔腸動物的囊胚的部分細胞內遷、內褶成為雙層結構。其外壁是外胚層體壁，內部是內胚層消化道。成體相當于原腸胚階段，它們是雙胚層動物。扁蟲及更高的各門動物，都是三胚層動物。
胚胎早期，在內、外兩胚層之間出現中胚層。低等形式的中胚層細胞是分散的；脊椎動物中胚層則分裂為體壁和臟壁兩層，中間分離成為體腔，所以又稱為有體腔動物。